メタゲノミクス

微生物群集がどのように機能し、環境と相互作用しているかについての新たな知見を得るには、より優れたアプローチが必要です。ロングリードシーケンスによる全長の16Sシーケンスと10 kb HiFiリードによるメタゲノムプロファイリングおよびアセンブリにより、種レベルの分解能と機能的な洞察を可能にします。

確信を持って微生物の世界を探索

1分子分解能の高精度ロングリード（HiFiリード）は、全長16S rRNAシーケンス、ショットガンメタゲノムプロファイリング、メタゲノムアセンブリに最適で、次のようなことが可能です。

競争力のある価格の16S全長配列決定により、種または菌株レベルでのコミュニティ構成を同定

効率的でコスト効率の高いメタゲノムプロファイリングにより、HiFi リードごとに 6～8 個の全長遺伝子を同定

最大4つのマルチプレックスヒト糞便サンプルについて、最大35の高品質（HQ）メタゲノム集合ゲノム（MAG）、または1つのサンプルについて最大110のHQ MAGを生成

近縁種のコンティグやプラスミドの関連付けにエピゲノムデータを活用

Brochure

メタゲノムとマイクロバイオームシーケンスの新たなスタンダードを構築

メタゲノムおよびマイクロバイオームシーケンスへ高精度で柔軟なHiFiソリューションを用いることで、研究者は培養の必要なく高解像度で微生物や微生物群集を研究することができます。HiFiシーケンスの優れた精度と長いリード長により、科学者が必要とする柔軟性と高解像度を実現します。

オンデマンドウェビナー

HIFIメタゲノミクス: MORE SAMPLES, MORE SPECIES, MORE MAGS

PacBio HiFiシーケンスは、データ解析ツールの大幅な進歩により、メタゲノムシーケンスの品質と解像能に新しい基準を打ち立てています。本ウェビナーでは以下について学ぶことが出来ます。

微生物群集のプロファイリングとMAGアセンブリにおいて、結果、容量、費用対効果の向上につながるPacBioのショットガンメタゲノミクスにおける最近の進歩
メタゲノミクスにおける高精度リードおよびロングリード双方の重要性
PacBio HiFiショットガンメタゲノミクスデータで、hifiasm-metaを使用して、より高品質、より完全、より環状、より単一コンティグなMAGの取得方法

ウェビナーを見る

Spotlight

16S完全長配列決定による細菌群集の株レベルでの同定

DADA2 ソフトウェアを使用すると、微生物群から 16S ハウスキーピング遺伝子の全コピーを回収することができます。同一菌株の16S配列バリアントは、各ゲノム内のコピー数を反映した整数倍の比率でデータ中に表示されます。例えば、Zymoモックのコミュニティにおける大腸菌O157:H7のように、この高解像度情報によって、種だけでなく存在する株も明確に特定できる場合があります。

Callahan, B. J., et al. (2019). High-throughput amplicon sequencing of the full-length 16S rRNA gene with single-nucleotide resolution. Nucleic Acids Research.

read-length-and-accuracy-matter-metagenome-paper-bickhart-2021 - PacBio

Spotlight

メタゲノム解析と機能プロファイリングには、リードの長さと精度が重要

羊の糞便サンプルのHiFiデータを用いた解析結果と、同じデータセットから精度の低いサブリードを用いた結果を比較すると、精度向上によるアセンブリの連続性、MAG回収、遺伝子発見へのインパクトがわかります。左の図では、より連続性の高いHiFiアセンブリにより、ノイズの多いCLRロングリードよりも25%多く完全な生合成遺伝子クラスタ（biosynthetic gene clusters : BCG）を回収することができました。

Bickhart, D.M. et al. (2022). Generation of lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities.. Nature Biotechnology, 0.1038/s41587-021-01130-z

Application Brief