2024年3月13日｜がん研究
TGenは、超高精度PacBioショートリードによって、がんリキッドバイオプシー研究に大きな進展がもたらされると考えています
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シティー・オブ・ホープのトランスレーショナル・ゲノミクス研究所（TGen）の教授陣は、リキッドバイオプシー研究の進展にOnsoシステムとsequencing-by-binding（SBB）ケミストリーが有望であるといち早く見出した一人です。PacBioは最近、シティー・オブ・ホープとTGenのがん予防＋早期発見センターのディレクターであるCristian Tomasetti氏と対談する機会を得て、同機関による最先端の新しいリキッドバイオプシーの開発におけるOnsoとSBBの性能について議論しました。
Key Takeaway
- TGenの研究チームは、がんの早期発見や再発モニタリングに使用できるフラグメントミクスに基づくリキッドバイオプシーアッセイを開発しています。
- がんの早期発見法の成功には、感度と特異性が重要であるため、アッセイを支えるシーケンス精度は「…おそらくアッセイ全体の中で最も重要なもの」です。
- Onsoのデータを用いてサンプルが癌かどうかを予測するTGenの能力は、「…標準的な技術よりも一桁優れています」。
- Onsoシステムからの極めて正確なQ40+データは、健康なサンプルと癌サンプルの間のあいまいさを減らし続けるTGenを支援している。
“Looking at our data coming from this pilot study, [Onso] performance is, I would say, an order of magnitude better than the standard technology.”
-Cristian Tomasetti, PhD
リキッドバイオプシーは、血液中の循環腫瘍DNA（ctDNA）を非侵襲的に検出することにより、腫瘍学研究に革命をもたらす可能性を秘めています。しかし、これまでのところ、従来のシークエンシング技術の技術的限界により、このようなアッセイの作成は極めて困難でした。
明確な統計的信頼性をできるだけ早期に提供するアッセイを構築するために、既存のリキッドバイオプシー技術の多くは、シークエンス性能の不足を補うために、複雑なエラー補正戦略と極端なシークエンス深度に依存しています。それでも、結果として、アッセイとしては充分であるとは言えません。
Onsoのショートリードシーケンスシステムと独自のSBBケミストリーの発売により、科学者は、他の主要テクノロジーよりも10倍から100倍も精度の高いシーケンシングを利用できるようになりました。これによりOnsoのユーザーは、次世代リキッドバイオプシーアッセイの開発において、極めてまれなctDNAバリアントをより早く、より少ないシーケンス量で検出できるようになり、重要なアドバンテージを得ることができます。
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