シングルセルRNAシークエンス

シングルセルRNAシーケンス（scRNA-seq）は、複雑な組織から得られた個々の細胞間の遺伝子発現の違いを特徴付けるために登場し、トランスクリプトームをより高解像度で見ることができるようになりました。一般的なシングルセルライブラリは、RNAをインプットとして、シングルセルバーコードとユニーク分子インデックス（UMI）でタグ付けされたcDNA分子を出力し、転写物の由来を「シングルセル」までさかのぼることができます。これはバルクRNA-Seqとは対照的で、バルクではシングルセルバーコードが存在しないため、転写物を個々の細胞に紐づけることができません。

PacBio HiFi readsを用いたシングルセルRNAシーケンスは、シングルセルレベルで全長アイソフォーム情報を提供します。ショートリードシーケンスでは、転写物の末端の短い断片をシーケンスするだけで、遺伝子レベルの情報しか得られません。一方、PacBio HiFiリードは転写物全体をカバーすることができ、シングルセルレベルの解像度でアイソフォームの多様性を明らかにします。遺伝子ではなくアイソフォームの違いが病気や生物学的機能の原因となることが近年多く知られています。

MAS-Seq法は、Al’Khafajiらによって、シングルセルプラットフォームから生成されたcDNA分子をより長い連結フラグメントに結合することでスループットを向上させる手法として開発されました。連結された分子のシーケンスから生成されたHiFiリードは、バイオインフォマティクス的に分割され、元分子の情報を取り出すことができます。その結果、スループットが向上し、シーケンスの必要性が減少します。著者らは、10x のシングルセルライブラリにMAS-Seq法を適用することで、がんに関連する特定の細胞集団に関連するユニークなアイソフォームを識別できることを示しましたが、ショートリードによるシングルセルRNA-Seqでは検出不可能でした。

はい！MAS-Seqでは、シングルセルライブラリの全長アイソフォーム情報を得ることができますが、ショートリードなどの他のシーケンス手法では、遺伝子レベルの情報しか得ることができません。MAS-Seq（Al’Khafajiら）や通常のHiFiシーケンス（Palmerら、Joglekarら）を用いた複数の論文で、細胞集団のアイソフォーム特異性の特定にPacBioが使用されていることが実証されています。

いいえ。MAS-Seqキットを使用すると、PacBio HiFiシーケンスは、PacBioロングリードシステムで1つのSMRTセルを使用する典型的なシングルセル実験に十分なカバレッジを提供します。直行する他のシーケンス技術は必ずしも必要ではありません。

MAS-Seq キットは、10x Chromium Next GEM Single Cell 3′ kit (v3.1) を用いて作成した cDNA に対応しています。

MAS-SeqキットはSequel II/IIeおよびRevioシステムと互換性があります。

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SMRT Link Read Segmentation & Single-cell Iso-Seq ワークフローは、MAS-Seqデータを処理して、Seuratなどの一般的な3次解析ツールと互換性のある遺伝子およびアイソフォームカウントマトリクスデータを生成します。バイオインフォマティクスの詳細については、https://isoseq.how/ をご覧ください。