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Quality Statement

Pacific Biosciences is committed to providing high-quality products that meet customer expectations and comply with regulations. We will achieve these goals by adhering to and maintaining an effective quality-management system designed to ensure product quality, performance, and safety.

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Image Use Agreement

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Pacific Biosciences
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SMRT試薬キットでシークエンスを最適化

PacBioでは1分子リアルタイム(SMRT) シークエンスに必要なすべての試薬キットとワークフローをご提供します。これらのキットはプロジェクトサイズに関係なく、コスト効率性を保ちながらカスタム化が可能です。フレキシビリティを備えたPacBioシークエンスプラットフォームは様々なワークフローステップや研究ゴールをサポートします。お手軽そして簡単に、高精度なロングリードのデータを手にすることができるのです。


 

SMRTシークエンスのワークフロー

  • 拡張性
    • 短いアンプリコンから長くて複雑なゲノムまで
  • 簡単
    • RNAあるいはDNAからシークエンスまで約1日
  • 標準化
    • SequelおよびPacBio RS II両システムにおいて同様のワークフロー

多くのワークフローがSequelおよびPacBio RS IIシステムで共通しています。右図は典型的なワークフローを示します。

各プラットフォームの試薬キットの詳細は、下記リンクよりご確認いただけます。

Sequelシステム試薬キット

PacBio RS IIシステム試薬キット

SMRTシークエンスワークフロー、および解析できるサンプルの種類の概要を次に説明します。


サンプルを調製し、ポリメラーゼを加え、ランを開始

数十キロベースに及ぶシークエンスリードを取得するためのステップは、PacBioプロトコールに詳細に記載されています。PacBioのテンプレート調製ステップでは、DNAダメージを取り除き、末端修復をした後に環状化したSMRTbellアダプターを付加します(下記図参照)。これでSMRTbellテンプレートの出来上がりです。環状化されていないテンプレートやニックされたテンプレートはエクソヌクレアーゼ処理にて消化されます。

SMRTbellテンプレートにはシークエンスプライマーがアニールされる一本鎖DNAの部分があります。ポリメラーゼはプライマーでアニールされたテンプレートに結合し、この複合体をSMRT Cellにローディングします。この最後のステップは非常に重要で、各テンプレートDNAの末端にヘアピンループの構造を加えることにより、シークエンスプライマーのアニールする場所を最適化し、シークエンスポリメラーゼを結合させることができるのです。

SMRTbell-template

 

 

幅広いサンプルの種類をシークエンス

SMRTテクノロジーは長さに関わらず、そしてGC%およびAT%に関わらずどんなDNA鎖もシークエンスすることができます。通常、SMRTシークエンスでは増幅なしのDNAを使用することで複雑な遺伝変化を解明することができます。例えば、DNAをシークエンスしながらエピジェネティックな情報を同時にシークエンス情報から得ることができます。

多くの場合で二本鎖DNAをスタート材料としてテンプレート調製を行いますが、Iso-SeqプロトコールではRNAをスタート材料として用いることができます。Iso-Seq手法を使うことでスプライスバリアントを始めとして完全長cDNA転写産物の新しい解明を行うことができます。

興味のあるゲノム領域にターゲットをしてシークエンスするには、複数のアプローチがあります。ハイブリダイゼーションベースのプロトコールでは複数KbからMbにわたる領域を捉えることができます。10Kbまでの長さであれば、マルチプレックスアンプリコンを用いた手法が効率よく使えます。

 

SMRT試薬キットについての詳細は、ぜひお問い合わせください。