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Quality Statement

Pacific Biosciences is committed to providing high-quality products that meet customer expectations and comply with regulations. We will achieve these goals by adhering to and maintaining an effective quality-management system designed to ensure product quality, performance, and safety.

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PacBioデータに最適化されたde novoアセンブリツール

下記のアルゴリズムでは、高いコンティグN50、少ないコンティグ数、1塩基多型および構造多型検出、そして99%以上のコンセンサス精度をもたらします。追加のツールでは、新しいアセンブリ、コンティグ、視覚化の拡張的なクオリティ評価に使用できます。

De novoアセンブリ用のSMRT Analysisアルゴリズム

HGAP

Hierarchical Genome Assembly Process (HGAP)では、1つのライブラリーから包括的で高精度なde novoアセンブリを実施します。HGAPはプレアセンブリ、Celera Assemblerを使ったde novoアセンブリ、そしてQuiverを使ったアセンブリのポリッシュのステップで解析を実行します。

BridgeMapper

BridgeMapperはPacBioデータのスプリットアライメントを産出することで、ゲノムアセンブリのクオリティ評価をします。SMRT Viewで視覚化できます。

De novoアセンブリ用のSMRT Analysisアプリケーション

RS_HGAP Assembly.3

このアプリケーションでは、1ライブラリーから高品質なde novoアセンブリを実施します。スピードに最適化されており、RS_HGAP_Assembly.2よりも迅速な解析が可能です。HGAP Assembly.3では、プレアセンブリ、PacBioのAssembleUnitigを使ったde novoアセンブリ、Quiverを使ったアセンブリのポリッシュがステップとして含まれ、微生物アセンブリのスピードが飛躍的に向上しました。Celera Assemblerの最も時間を要するステップを、PacBioのAssembleUnitigモジュールに変更しています。

RS_HGAP Assembly.2

このアプリケーションでは、1ライブラリーから高品質なde novoアセンブリを実施し、クリティに最適化されています。HGAP_Assembly.2では、プレアセンブリ、Celera Assemblerを使ったde novoアセンブリ、そしてQuiverを使ったアセンブリのポリッシュがステップとして含まれます。

RS_Bridgemapper

BridgeMapperは、PacBioデータのスプリットアライメント(1つのリードが別の場所にマップ)を産出します。スプリットアライメントは、SMRT Viewにて視覚化でき、異なる部位にマッピングされたリードを確認します。サブリードの一部分がリファレンスのコンティグではない場所にマップした場合、リファレンスゲノムと実際のゲノムの構造の違いとして認識します。これにより通常のマッピングプロセスではアラインしないデータを理解し、どこからそのデータが得られたかを理解することができます。またこのツールはリシーケンスのアプリケーションでは、融合遺伝子の検出に使用できます。

RS_PreAssembler

このアプリケーションは、de novoアセンブリに使用する高精度なロングリードのセットを作成します。最低限のリード長をもつリードを対象に、すべてのリードをアラインし、末端を取り除き、コンセンサス配列を決定します。Hierarchical Genome Assembly Process (HGAP)で使用します。

追加製品リソース

  1. SMRT PortalのHGAP
  2. HGAP Whitelistingチュートリアル
  3. HGAPアセンブリ結果の評価
  4. BridgeMapper

 

SMRTシークエンスがどのように研究をサポートできるか、ぜひお問い合わせください。