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Quality Statement

Pacific Biosciences is committed to providing high-quality products that meet customer expectations and comply with regulations. We will achieve these goals by adhering to and maintaining an effective quality-management system designed to ensure product quality, performance, and safety.

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リシークエンスとバリアント検出をさらに強化

SMRT Analysisはシークエンスアライメント、コンセンサスコール、ポリッシュ、バリアント検出における豊富なアルゴリズムとアプリケーションを提供します。

アライメント、コンセンサスコール、ポリッシュ、バリアント検出のためのSMRT Analysisアルゴリズム

BLASR

Basic Local Alignment with Successive Refinement (BLASR) は、最も高いスコアのローカルアライメントあるいはリードとゲノムのローカルアライメントセットを探し出すことで、迅速にリードをゲノムにマップします。PacBioのロングリードに最適化され、またクオリティ値を使うことで、BLASRは迅速かつ正確にリードをマップします。

Quiver

QuiverはPacBioテンプレートリードをもとに、最大尤度テンプレート配列を探します。PacBioリードは条件付き確率場(CRF)法を使いモデル化され、テンプレート配列に応じてリードに確率を割り当てます。各リードの塩基配列に加えて、QuiverではベースコールからのQV値を使い、より精度の高いコンセンサスコールを実施します。

LAA

Long Amplicon Analysis (LAA) は、PacBio SMRT技術でシークエンスされた倍数体アンプリコンセットから、フェーズ化されたコンセンサス配列を見つけます。LAAは、クラスター分類、細かいフェーズ化、コンセンサス配列構築、処理後のステップから構成されています。この解析は複数分子のインサート配列からのリードを使い、処理します。

クラスター分類は異なるアンプリコンからのリードをグループ化します。各クラスター分類からのリードはフェーズ化ステップへと進み、Quiverベースのフェーズ化アルゴリズムを使うことで完全長のハプロタイプに区分けします。ハプロタイプはその後、高品質なコンセンサス配列を達成するためにQuiverアルゴリズムを使いポリッシュされます。処理後のステップでは疑わしいコンセンサス配列やPCRアーチファクトと思われる配列を同定し、取り除きます。

CCS

Circular Consensus Sequencing (CCS)アルゴリズムは、環状化された1つのDNA分子(SMRTbellテンプレート)から得られる複数のサブリード(あるいはパスと呼ばれる)を使い、コンセンサス配列を計算します。CCSはQuiverフレームワークを使い、パス数に応じた最適化されたコンセンサス配列を達成します。このアルゴリズムは、SMRT Cellにロードされた各分子からのリードを処理し、DNAインサートのサイズを予測します。
 

アライメント、コンセンサスコール、ポリッシュ、バリアント検出のためのSMRT Analysisアプリケーション

BAM_Resequencing_Beta.1

このアプリケーションは全ゲノムあるいはターゲットリシークエンスのワークフローに使います。解析ワークフローはリードのフィルターおよびリファレンス配列へのマッピングを含みます。またQuiverを使い、コンセンサス配列とバリアントコールを実施します。BAM_Resequencing_Beta.1は解析にBAMファイルを使い、RS_requencingと比べて迅速な解析が可能です。

RS_Resequencing

このアプリケーションは全ゲノムあるいはターゲットリシークエンスのワークフローに使います。解析ワークフローはリードのフィルターおよびリファレンス配列へのマッピングを含みます。またQuiverを使い、コンセンサス配列とバリアントコールを実施します。

RS_Minor Variant

このアプリケーションは、ユーザーが提供するリファレンス配列に対して、ヘテロジーニアスなデータセットから低頻度のバリアントコールを行います。DNAサンプルから1%のゲノム変異を同定する定量感度が特徴です。

RS_Long_Amplicon_Analysis

このアプリケーションはプール化されたアンプリコンデータから、フェーズ化したコンセンサス配列を決定します。長いゲノムインサートにおける精度の良いアリルのフェーズ化とバリアントコールが可能です。LAA解析アプリケーションでは、ヒトゲノムにおいて医学的に重要なHLA領域を含む、興味のある遺伝子座の新規ハプロタイプ解析が行えます。5つまでの異なるアンプリコンをプールできます。リードは大まかなグループにクラスター分類され、各グループごとにQuiverアルゴリズムを使いフェーズ化およびコンセンサスをコールします。サンプルがバーコード化されている場合、バーコードごとに解析するオプションもあります。複数の分子からなるインサート由来のリードを使って解析処理します。

RS_ReadsOfInsert

このアプリケーションでは1分子からのリードを解析します。SMRT Cellにロードされた各分子からのコンセンサス配列を産出し、DNAインサートの長さを予測します。サンプルがバーコード化されている場合、バーコードごとに解析するオプションもあります。この解析は、各分子のインサートシークエンスのリードを処理する際に使われます。

RS_ReadsOfInsert_Mapping

このアプリケーションは1分子からのコンセンサス配列を産出します。リードのフィルター、リファレンス配列のマップ、そしてコンセンサス配列の同定とリファレンスに対するハプロイドバリアントのコールが実施されます。この解析は、各分子のインサートシークエンスのリードを処理する際に使われます。
 

追加リソース

  1. BLASRについての詳細
  2. Quiverについての詳細
  3. Quiver FAQ
  4. Variants.gff ファイル形式の仕様
  5. Minor Variants and Phasing Analysis

 

SMRTシークエンスがどのように研究をサポートできるか、ぜひお問い合わせください。