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1 | NCBI Accessioned Human Genome Assemblies using PacBio Sequencing Data Comparative Assembly Statistics | Last Updated: October 2019 | |||||||||||||||||||||||||
2 | NCBI Accession | Assembly name | Sequencing technology | Genome coverage | Assembly level | total-length | total-gap-length | scaffold-count | scaffold-N50 | contig-count | contig-N50 | Date | |||||||||||||||
3 | GCA_003634875.1 | HG00733_Phased_Diploid | PacBio Sequel; Illumina HiSeq HiC | 75x | Scaffold | 5786498663 | 118800 | 566 | 152510174 | 1754 | 26292878 | 2018-10-5 | |||||||||||||||
4 | GCA_003601015.1 | HG03807_prelim_1.0 | PacBio | 68.6x | Contig | 2861938929 | 0 | NA | NA | 3103 | 8420670 | 2018-9-27 | |||||||||||||||
5 | GCA_003574075.1 | HG02818_prelim_1.0 | PacBio | 86.84x | Contig | 2875770361 | 0 | NA | NA | 3267 | 22499404 | 2018-9-18 | |||||||||||||||
6 | GCA_001297185.2 | PacBioCHM1_r2_GenBank_08152018 | PacBio; Illumina | 60x | Contig | 2995735915 | 0 | NA | NA | 3709 | 26547048 | 2018-8-31 | |||||||||||||||
7 | GCA_002180035.2 | HG00514_prelim_3.0 | PacBio RSII | 80.0x | Chromosome | 3094330096 | 229340997 | 2226 | 89384495 | 2877 | 29396877 | 2018-5-22 | |||||||||||||||
8 | GCA_003086635.1 | HG03486_prelim_1.0 | PacBio | 68.12x | Contig | 2868126131 | 0 | NA | NA | 3465 | 5301524 | 2018-5-2 | |||||||||||||||
9 | GCA_003070785.1 | HG02059_prelim_1.0 | PacBio | 78.35x | Contig | 2898275003 | 0 | NA | NA | 3180 | 25293151 | 2018-4-24 | |||||||||||||||
10 | GCA_002077035.3 | NA12878_prelim_3.0 | PacBio RSII | 75x | Chromosome | 3088210890 | 236915269 | 2221 | 89003101 | 3220 | 16821028 | 2018-2-9 | |||||||||||||||
11 | GCA_002884485.1 | CHM13_HSA_v1 | PacBio; Illumina | 76.3x | Contig | 2875999248 | 0 | NA | NA | 1916 | 29260714 | 2018-1-16 | |||||||||||||||
12 | GCA_002884475.1 | YRI_HSA_v1 | PacBio; Illumina | 123.0x | Contig | 2878063574 | 0 | NA | NA | 3642 | 6605884 | 2018-1-16 | |||||||||||||||
13 | GCA_002872155.1 | NA19434_prelim_1.0 | PacBio RSII | 73x | Contig | 2864262081 | 0 | NA | NA | 3123 | 21513396 | 2018-1-10 | |||||||||||||||
14 | GCA_000001405.27 | GRCh38.p12 | multiple | NA | Chromosome | 3257347282 | 161368351 | 875 | 59364414 | 1536 | 56413054 | 2017-12-21 | |||||||||||||||
15 | GCA_001524155.4 | NA19240_prelim_3.0 | PacBio | 73x | Chromosome | 3088495238 | 221748766 | 1826 | 89467683 | 2521 | 29140631 | 2017-7-19 | |||||||||||||||
16 | GCA_002209525.2 | HG01352_prelim_2.1 | PacBio RSII | 74.6x | Contig | 2884526810 | 0 | NA | NA | 3162 | 21644977 | 2018-7-2 | |||||||||||||||
17 | GCA_002208065.1 | HG00733_prelim_1.0 | PacBio RSII | 80x | Contig | 2882001880 | 0 | NA | NA | 3580 | 22162569 | 2017-6-26 | |||||||||||||||
18 | GCA_001879175.2 | AK1_MHC_Haplotigs_v1 | PacBio | 50.0x | Contig | 5900644 | 0 | NA | NA | 8 | 1090727 | 2016-11-15 | |||||||||||||||
19 | GCA_002009925.1 | AK1_Haplotigs_v1 | PacBio | 50.0x | Contig | 4815341204 | 0 | NA | NA | 18969 | 881667 | 2016-10-21 | |||||||||||||||
20 | GCA_001708065.2 | HX1_1.1 | PacBio; BioNano | 103.0x | Scaffold | 2934082568 | 39341374 | NA | NA | 9239 | 8325012 | 2016-10-21 | |||||||||||||||
21 | GCA_001750385.2 | AK1_v2 | PacBio | 101.0x | Scaffold | 2904207228 | 37339479 | 2832 | 44846623 | 3096 | 18080262 | 2016-10-13 | |||||||||||||||
22 | GCA_001856745.1 | ASM185674v1 | PacBio | 102.0x | Contig | 2908568123 | 0 | NA | NA | 4456 | 8583694 | 2016-10-11 | |||||||||||||||
23 | GCA_001712695.1 | KOREF1.0 | Illumina HiSeq; PacBio | 154.7x | Chromosome | 2944055311 | 31856046 | 68204 | 25272253 | 191986 | 47865 | 2016-9-20 | |||||||||||||||
24 | GCA_001549605.1 | GIAB Ashkenazim Father HG003/NA24149/hu6E4515 PacBio Assembly with PBcR | PacBio | 30.0x | Scaffold | 3031784135 | 0 | NA | NA | 22650 | 916048 | 2016-2-16 | |||||||||||||||
25 | GCA_001549595.1 | GIAB Ashkenazim Mother HG004/NA24143/hu8E87A9 PacBio Assembly with PBcR | PacBio | 30.0x | Scaffold | 2944690814 | 0 | NA | NA | 15777 | 1039719 | 2016-2-16 | |||||||||||||||
26 | GCA_001542345.1 | GIAB Ashkenazim Son HG002/NA24385/huAA53E0 PacBio Assembly with PBcR | PacBio | 70.0x | Contig | 2987970536 | 0 | NA | NA | 12302 | 4525162 | 2016-1-28 | |||||||||||||||
27 | GCA_001015385.3 | CHM13 CA Sensitive 2.5% Error | PacBio | 70.0x | Scaffold | 3065003163 | 0 | NA | NA | 12091 | 12252446 | 2015-11-20 | |||||||||||||||
28 | GCA_000983455.2 | CHM13 Draft Assembly | PacBio | 52.0x | Contig | 2941135618 | 0 | NA | NA | 4961 | 10549591 | 2015-11-20 | |||||||||||||||
29 | GCA_001292825.2 | HS1011_v1.1 | Illumina; PacBio (RS and RSII) | 165.0x | Chromosome | 2872295476 | 65281374 | 6553 | 74315606 | 31483 | 373039 | 2015-11-12 | |||||||||||||||
30 | GCA_001420745.1 | CA P5+P6 CHM1 Assembly Sensitive 2.5% Error | PacBio | 120.0x | Scaffold | 3106563034 | 0 | NA | NA | 7485 | 11334645 | 2015-11-2 | |||||||||||||||
31 | GCA_001421375.1 | CA P5+P6 CHM1 Assembly Sensitive 5% Error | PacBio | 120.0x | Scaffold | 3085189820 | 0 | NA | NA | 7253 | 17843544 | 2015-11-2 | |||||||||||||||
32 | GCA_001420765.1 | CA P5+P6 CHM1 Assembly Sensitive No Breaking 2.5% Error | PacBio | 120.0x | Contig | 2989427264 | 0 | NA | NA | 3188 | 34007701 | 2015-11-2 | |||||||||||||||
33 | GCA_001420755.1 | CA P5+P6 CHM1 Assembly Sensitive No Breaking 5% Error | PacBio | 120.0x | Contig | 2949285187 | 0 | NA | NA | 2416 | 30935124 | 2015-11-2 | |||||||||||||||
34 | GCA_001307015.1 | CA P5+P6 CHM1 Assembly Conservative 2.5% Error | PacBio | 115.0x | Scaffold | 3006460515 | 0 | NA | NA | 5307 | 26162726 | 2015-10-14 | |||||||||||||||
35 | GCA_001307125.1 | CA P5+P6 CHM1 Assembly Default 5% Error | PacBio | 115.0x | Scaffold | 3053645304 | 0 | NA | NA | 7250 | 23313104 | 2015-10-14 | |||||||||||||||
36 | GCA_001307025.1 | CA P6 CHM1 Conservative 2.5% | PacBio | 61.0x | Contig | 2939630703 | 0 | NA | NA | 4850 | 20609304 | 2015-10-14 | |||||||||||||||
37 | GCA_001297185.1 | PacBioCHM1_r2_GenBank_08312015 | PacBio | 61.0x | Contig | 2996426293 | 0 | NA | NA | 3641 | 26899841 | 2015-9-22 | |||||||||||||||
38 | GCA_001015355.1 | CHM13 CA Sensitive 5% Error | PacBio | 70.0x | Scaffold | 3028917871 | 0 | NA | NA | 11138 | 19357701 | 2015-6-1 | |||||||||||||||
39 | GCA_001013985.1 | ASM101398v1 | PacBio; Bionano Genomics | 44.0x | Scaffold | 3176574379 | 146352286 | 18903 | 26834081 | 21235 | 1557716 | 2015-5-29 | |||||||||||||||
40 | GCA_001007805.1 | PacBioCHM1_r1_02092014 | PacBio | 54.0x | Scaffold | 3239081299 | 0 | NA | NA | 26312 | 4498608 | 2015-5-15 | |||||||||||||||
41 | GCA_000983475.1 | CHM13 CA Conservative 2.5% Error | PacBio | 70.0x | Scaffold | 2996416935 | 0 | NA | NA | 10430 | 5550336 | 2015-4-30 | |||||||||||||||
42 | GCA_000983465.1 | CHM13 Default 5% Error | PacBio | 70.0x | Scaffold | 3061240732 | 0 | NA | NA | 15538 | 13331528 | 2015-4-30 | |||||||||||||||
43 | GCA_000772585.3 | ASM77258v3 | PacBio | 54.0x | Contig | 3259518399 | 0 | NA | NA | 40916 | 3945491 | 2015-1-21 | |||||||||||||||
44 | GCA_000786075.2 | hs38d1 | multiple | NA | Scaffold | 5792522 | 0 | 2385 | 2785 | 2385 | 2785 | 2014-12-18 | |||||||||||||||
45 | GCA_008583285.1 | HG02106_prelim_1.0 | PacBio | 73.9X | Contig | 2,887,220,360 | 0 | NA | NA | 2636 | 3,228,826 | 2019-9-19 | |||||||||||||||
46 | GCA_008065235.1 | HG00268_prelim_1.0 | PacBio | 95.8X | Contig | 2,908,574,082 | 0 | NA | NA | 1995 | 20,033,786 | 2019-8-22 | |||||||||||||||
47 | GCA_007821485.1 | HG04217_prelim_1.0 | PacBio | 71.8X | Contig | 2,878,155,429 | 0 | NA | NA | 4249 | 3,421,995 | 2019-8-1 | |||||||||||||||
48 | GCA_004796485.1 | HG002_CCS_canu_maternal_1.0 | PacBio HiFi | 28X | Contig | 2,111,680,112 | 0 | NA | NA | 4089 | 17,040,811 | 2019-4-16 | |||||||||||||||
49 | GCA_004796285.1 | HG002_CCS_canu_paternal_1.0 | PacBio HiFi | 28X | Contig | 2,957,656,065 | 0 | NA | NA | 6818 | 16,145,298 | 2019-4-16 | |||||||||||||||
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